RNAi干擾檢測(cè) 是指在進(jìn)化過(guò)程中高度保守的、由雙鏈RNA(double-stranded RNA,dsRNA)誘發(fā)的、同源mRNA高效特異性降解的現(xiàn)象?;虺聊饕修D(zhuǎn)錄前水平的基因沉默(TGS)和轉(zhuǎn)錄后水平的基因沉默(PTGS)兩類(lèi):TGS是指由于DNA修飾或染色體異染色質(zhì)化等原因使基因不能正常轉(zhuǎn)錄;PTGS是啟動(dòng)了細(xì)胞質(zhì)內(nèi)靶mRNA序列特異性的降解機(jī)制。有時(shí)轉(zhuǎn)基因會(huì)同時(shí)導(dǎo)致TGS和PTGS。
RNAi干擾檢測(cè) 主體實(shí)驗(yàn):
一、成功將siRNA表達(dá)載體導(dǎo)入目的細(xì)胞
如果目的細(xì)胞的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染效率較低(低于70%),則應(yīng)采用腺病毒或慢病毒載體,利用病毒載體的高感染率、高表達(dá)特性,更好地開(kāi)展RNA干擾主體實(shí)驗(yàn)。
二、設(shè)置好分組和對(duì)照
按照nature的標(biāo)準(zhǔn),一個(gè)嚴(yán)格的RNAi介導(dǎo)knockdown實(shí)驗(yàn)要有6個(gè)對(duì)照:
?、鞭D(zhuǎn)染試劑對(duì)照(監(jiān)控轉(zhuǎn)染及培養(yǎng)條件對(duì)結(jié)果的影響);
?、瞡onsense siRNA對(duì)照(監(jiān)控外源核酸本身對(duì)結(jié)果的影響);
?、硃ositive siRNA對(duì)照(監(jiān)控假陰性);
?、醇夹g(shù)重復(fù)對(duì)照(也叫off-target 對(duì)照,也就是利用至少2個(gè)靶點(diǎn)的siRNA同時(shí)實(shí)驗(yàn),2個(gè)siRNA互為off-target control,當(dāng)兩者的表型相同時(shí),才有可能是特異性的knockdown效應(yīng));
?、祌escue 對(duì)照(knockdown之后做超表達(dá),看是否有性狀的逆轉(zhuǎn),這也是為了說(shuō)明knockdown的特異性);6.全表達(dá)組掃描對(duì)照(就是轉(zhuǎn)錄/表達(dá)芯片掃描,以zui終確定表型不是由于off-target造成)。
實(shí)際實(shí)驗(yàn)中,全表達(dá)組掃描對(duì)照很少有文獻(xiàn)涉及。其它幾個(gè)對(duì)照中,1,2兩種對(duì)照即所謂的空白細(xì)胞對(duì)照、NC對(duì)照,基本是所有雜志都要求具備的。4,5兩種對(duì)照,主要是為了解決off-target效應(yīng),選做一種即可,一般建議選5,涉及的實(shí)驗(yàn)即所謂的“RNA干擾回復(fù)實(shí)驗(yàn)"。
三、RNA干擾效率的檢測(cè)(體外)
一般應(yīng)該從mRNA水平、蛋白質(zhì)水平、細(xì)胞表型水平三個(gè)層次來(lái)檢測(cè)干擾效率。
mRNA水平:RT-PCR、Real-time PCR;蛋白質(zhì)水平:Western-blot、ELISA、免疫組化;細(xì)胞表型水平:MTT、克隆形成實(shí)驗(yàn)、流式細(xì)胞檢測(cè)、細(xì)胞小室實(shí)驗(yàn)等。RNA干擾效率在動(dòng)物模型上的進(jìn)一步驗(yàn)證(體內(nèi)) 動(dòng)物模型實(shí)驗(yàn)可以采取“體內(nèi)法"和“體外法"。
體內(nèi)法,即先做裸鼠成瘤模型,再將質(zhì)?;虿《緦?dǎo)入裸鼠,檢測(cè)RNA干擾效果。此法操作復(fù)雜,對(duì)質(zhì)粒和病毒產(chǎn)品的質(zhì)和量要求都較高,但是比較貼近實(shí)際,說(shuō)服力較顯著。體外法,即先將質(zhì)?;虿《緦?dǎo)入腫瘤細(xì)胞,再將腫瘤細(xì)胞導(dǎo)入動(dòng)物體內(nèi),然后檢測(cè)RNA干擾效果。此法操作較簡(jiǎn)單,對(duì)質(zhì)粒和病毒產(chǎn)品的質(zhì)量要求較低,所以為大多數(shù)文獻(xiàn)所采用。建議采用此方法來(lái)進(jìn)行動(dòng)物模型水平的實(shí)驗(yàn)。